秸秆进行科学合理还田不仅能够改善土壤肥力，而且还能减少钾肥用量，提高作为产量。只有不合理，不科学的进行秸秆还田时，才比较容易对后茬作物造成为害影响。像玉米秸秆如果不能进行科学合理还田，通常会造成如下不良为害。
1，土壤悬空，造成后茬播种质量降低，影响生长发芽出苗。比如玉米秸秆还田时粉碎不充分，秸秆长度较长时，通常不仅会不利于秸秆腐烂还田，而且还多会造成土壤悬空不实，造成播种较深，不利于发芽出苗，而且保水保温性能差，苗弱，抗旱抗寒抗逆性差，容易造成干旱死苗或越冬期冻死等，严重影响产量。
2，容易引起苗黄死苗，长势较差。玉米秸秆还田量过大，或秸秆田间分布不匀，土壤翻埋较浅，或没有多增加氮肥时，通常会因为秸秆腐烂时与作物挣肥等，不仅影响作物发育生长，而且还会造成营养不良发黄，甚至根系不能有效下扎而发生死苗等，一般会长势较差，不利于安全越冬高产。
3，会导致田间病虫害加重发生。像玉米纹枯病，赤霉病，玉米螟等病虫害都是在玉米秸秆残体上越冬，如果秸秆还田时裸露土表，或没有充分粉碎深埋，田间害虫及菌源量增加，明年种植玉米时就容易加重田间病虫为害影响，进而增加防治成本，或为害加重而减产。
4。引起田间杂草抗性增加，次生杂草加重为害。玉米秸秆还田不当，不仅会加重病虫为害影响，而且还容易造成次生杂草不断在田间开花结子，进而使杂草种子增多，并上升为优势杂草，而喷药没有打死的杂草，其抗药性也会增强，随开花结子，以后防治效果也会越来越差，不仅会造成生产成本增加，而且还容易造成减产。
总之，玉米秸秆科学合理还田通常是利大于弊，但若是不能科学合理进行还田，则会明显造成许多不良为害影响，尤其以苗黄死苗，及其田间病虫草发生为害加重等，容易造成生产成本增加，种植效益降低。
