一般情况下，农村秸秆进行焚烧较好。不仅可以杀灭病菌虫卵，而且可以减少杂草发生。只是目前提倡秸秆进行还田，不准直接田间焚烧，避免环境污染。不过科学进行秸秆还田，不仅能控制减少病虫害的发生，而且还能改善土壤肥力，减少肥料使用。利于提高产量。
秸秆中含有大量的营养元素和矿物质。进行秸秆还田后。秸秆中的营养物质可以被作物再次吸收利用进而减少肥料使用。同时还能改善土壤团粒结构，提高土壤力。因此进行秸秆还田时，要注意把好三个重点方面。
第一作物秸秆一定要进行充分粉碎。作物秸秆充分粉碎，不仅利于作物秸秆快速腐烂释放养分，同时还能将秸秆上残留的病菌和虫卵杀死进而减少明年或者下季作物田间病虫害的发生。一般秸秆还田时其长度要控制在6cm以下最好。
第二秸秆还田的田块土壤一定要进行深翻。土壤进行深翻，不仅可以将秸秆覆盖在土壤内，促进快速腐烂。而且深翻后可以将病菌和虫卵深埋在土壤内部，这样会因为氧气不足而杀灭病菌和虫卵，从而可以控制和减少田间病虫害的发生。
第三秸秆还田前，粉碎的秸秆一定要充分湿润，并加入尿素。秸秆充分湿润并加入尿素，利于快速促进秸秆的腐烂，同时在一定程度上也能因为尿素的作用杀灭秸秆上的病菌和虫卵。当然，如果和秸秆腐熟剂搭配使用效果会更好。秸秆还田一般每亩使用尿素20斤左右即可。
总之，科学进行秸秆还田一般也不会导致田间病虫害的发生。但若是秸秆还田技术不当，不仅会容易造成田间病虫害的加重危害，而且还会影响发芽出苗生长及其死苗等。
