谷子的锈病一般除选用抗病品种种植外，还可以采取两种方法进行防治。
第一，药剂拌种预防。锈病除重茬种植影响外，还可以借助气流远距离传播为害，因此可以在播种前选用15％三唑酮按照种子重量0.5％的浓度进行拌种，可以有效预防田间发生为害。也可以选用苯甲醚菌酯拌种，或苯醚甲环唑或戊唑醇等拌种。
第二，药剂防治。当田间发现有零星锈病为害时，宜及时亩用25％腈菌唑20-30毫升，或25%三唑酮800-1000倍液或25%丙环唑40-50毫升或25%醚菌酯40克,或40%氟硅唑15-20毫升等轮换交替喷施防治两次七天一次，对于田间有明显发病中心的，宜及时拔除发病中心植株在进行喷药防治。连防两到三次，五到七天可以有效防控其为害。
谷子锈病主要为害叶片，会形成大量铁锈状粉末，发生严重时可以使叶片及植株枯死，严重影响产量，一般在7-9月降雨较多时容易发生。生产上还可以通过科学施肥，不易氮肥偏多过旺使用，并适期播种及时排水等也可以减轻其发生为害。
