1、母种的制作
生产上用的母种，无论是从外地引进的，還是我们自己分离的菌种，对母种的转接大多数应调节在三代以内，且菌龄要适宜。优质母种的特征：菌丝洁白、浓密、粗壮、生长整齐，不造成色素，气生菌丝少，有菇香味。
1．1 母种培养基配方 马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂ZO克，磷酸二氢钾1克，硫酸镁0．50克，水一千毫升 PH值5．50～6．50。
1．2 培养基的制备 选未发芽、无病害、不发青的新鲜马铃薯洗净去皮，称取200克，切成小块，装入烧杯（量杯）中，倒入清水一千毫升，加热煮沸维持20～30分钟，至马铃薯酥而不烂为度，加热流程中稍加搅拌，然后用3层纱布过滤，取其滤液，补水至一千毫升，在马铃薯汁液中加入琼脂，继续加热搅拌至琼脂完全溶化，最后加入葡萄糖、磷酸二氢钾、硫酸镁，加水补至10 0 0毫升，用'PH'试纸测定并调节'PH'值。在正常操作的状况下'PH'值常在要求范围内，常可忽略测定。分装在试管中，高度为试管高度的1／8～1／5，加棉塞，包扎，放在高压锅内灭菌，指针指到 0．0 4 M PA时排放冷空气，在升压到0.10 5 M pA维持 3 0分钟，自然降温到60℃上下出锅，摆成斜面。
1．3 接种培养 按常规法接种后将母种放入培养室内，溫度23～25℃，空气同比湿度 65％上下培养 7～10天，菌丝长满培养基斜面，即可用来接原种。
2、原种的制作
制种原料的选和配制对菌种生产的质量和使用效果有着立刻的联系，常用的原料有小麦（玉米X棉籽壳等。
2．1 原种配方
2．1．1，小麦（玉米）95%、石膏粉2O% 过磷酸钙 2O% 尿素 0．50%、白糖 0．50%、pH值 5．50～6．50。
2．1．2 棉籽壳 87%、麸皮 10%、蔗糖白糖）0．50％、石膏粉 1％、过磷酸钙 1%、尿素 0．5 0%、加水120％～ 130％。
2．2 培养基的制备
2．2．1 将JJ、麦（玉米）筛检干净，称量，置清水中浸泡2小时，在放入开水中边煮边搅动，随时检测煮的程度，特别是煮到15分钟后更要勤检测，待麦粒（玉米）无白心，熟而不烂（不可以开花）时立即捞出，放在尼龙布或干净的水泥地上晾晒。见麦粒（玉米）表层沒有多余的水分时，加入石膏粉、过磷酸钙等，搅拌均匀，装瓶（用500克的罐头瓶或酒瓶X瓶加两层报纸，上覆1张耐高温的塑料，用橡皮圈（自开车废内胎剪成，每条约可剪 400个）灭菌时要求压力在 0．10 5 M pA，维持 2。J、时，灭菌时注意事项排冷空气的时间，要注意一定不要超压，灭菌时间必需要精确。
2．2．2 先称取原料，将白糖、石膏粉、尿素、过磷酸钙等先溶化，制成母液，按大约所需水稀释，然后将棉籽壳拌湿，堆放2～3小时，搅拌加麸皮，拌匀，用手紧捏培养料，以指缝中有水外渗而不往下滴为适宜。装瓶时稍压实，加塞及高压的方法同上。
2.2.3 接种培养＠A菌的培养基出锅冷却至室温时做好接种，每只试管可接5～6瓶原种。培养条件同母种，大多数经20～25天即可长满瓶子。要注意：酒瓶培养到10～12天需摇瓶，然后在培养。优质原种的特征是菌丝洁白、整齐，瓶壁及表层布满菌丝，有菇香味。
3、栽培种的制作
3．1 培养基制备及配方 同制原种。
3．2 接种培养 开始用75％酒精或3％来苏儿擦手及原种瓶外消毒，然后用消毒的接种铲（锄＊翻松原种，在接种箱内（超净工作台上）的酒精灯火焰上方倒少许原种于灭菌的瓶料中，每瓶原种接20～25瓶，培养条件同原种。大多数20～25天即可长满，长满后应立即播种。若暂时不用，可在10～14摄氏度下干燥保存，时间不超过10天；2～4 摄氏度时保存不超过2 0天。经低温保存的栽培种，在使用前将菌种放在常温下恢复1～2天。
4、 小结 使用上述制种方法有下面优点
4.1使用麦粒（玉米）菌种 制作方法简便、省工、菌种质量好，培养时摇瓶1～2次，菌丝与麦粒混合均匀，左右菌丝生长一致。
4.2 用棉籽壳作原料成本低 每500克棉籽壳约可装5瓶，生长快，菌种质量好。与麦粒相对，操作略麻烦，在原种扩栽培种时，须借助接种铲（锄）才能完成。
4．3 菌种生产周期短 大多数从分离母种到栽培种制成只要50～55天。
4.4 而且用种量省 大多数1瓶栽培种可接种23～50厘米规格的5～6袋。
4．5 发菌快 在栽培种袋中大多数经过35～50天即可长满全袋。
食用菌菌种制作方法
能否制做出合格菌种?是评价食药用菌生产专业户是不是“专业”的规范。关键在于的是自繁菌种可以大大下降买种的花费，进而提高经济效益。食药用菌菌种来源大多数有两种途径：一是使用组织或孢子分离技术自繁，二是从有关科研部门引种。
菌种分离
食药用菌菌种的分离有2种方法：组织分离和孢子分离。这些方法大多数由科研单位使用，所分离的菌种须经出菇品比试验，成功后才能推广应用。
㈠组织分离
这样的方法是无性繁殖或克隆技术，从理论上讲，所获菌种不发生遗传重组等变异，因而常被生产上使用。选无污染并菇形健壮的食药用菌幼菇(6分成熟)，采摘后立刻放入灭过菌的纸袋中带回接种室，连同母种用试管培养基等用品一块放入接种箱内消毒。在接种箱内无菌操作，先用75%的酒精消毒双手和工具，然后用0.1%升汞液消毒种菇表层，用消过毒的解剖刀从菌盖与菌柄联结处的中部纵切开，在菌盖与菌柄交界处切成长条形小块，用接种钩钩取小块菌肉，迅速接入培养基斜面的中部，塞好棉塞，在25℃下培养3-5天后即可看到组织块周围长出白色稀疏纤细的菌丝，15-18天菌丝即可长满试管，挑选菌丝健旺无污染的菌管在做好转接扩繁，须经出菇试验合格后用于生产。
㈡孢子分离
这样的方法为有性繁殖，所获菌种已经发生遗传重组等变异，生产性状有可能优于母体，也有可能劣于母体。孢子分离有单孢分离和多孢分离两种方法，单孢分离一般用在遗传育种研究，多孢分离多用于生产繁种。孢子分离技术下面：
钩悬收集法：采取成熟的子实体(刚弹射孢子)菌盖块,在无菌室经消毒处理后，将菌褶（伞菌）或菌孔（多孔菌）朝下悬吊于无菌容器内收集孢子，在22-26℃下让其自然弹射孢子5-10小时，容器底部出来白色孢子印。取无菌水，粘取少量孢子制成孢子悬浮液，用灭过菌的注射器或滴管吸取孢子悬浮液，滴1-2滴于试管斜面上，经25℃培养至孢子萌发，挑选无污染的斜面做好扩繁，经严格的出菇试验，择优用于生产。
试管收集法：试管斜面收集孢子，在无菌情况下取一小块子实体组织，蘸少量无菌琼脂或浆糊，粘附于试管培养基斜面的对面玻壁上，加棉塞后在20℃上下静置，菌孔组织中的孢子会弹射到斜面培养基上，在去掉试管壁上的菌块，经进一步培养获得多孢子萌发的菌丝体。
母种制作
在食药用菌菌种生产中，菌种制作一般情况下包括二级，即母种和原种。母种也叫一级种，因为菌丝生长在试管的斜面上，理所当然又叫作试管种或斜面种。以便保障质量，避免退化，母种的转接扩管不超过3次，转扩次数增加，产量有降低的趋势。对长期保藏的菌株，复壮后须经出菇（耳）试验，方可用于大规模生产或销售。大多数生产者基本都是引进母种，经扩繁后用于制备原种。
㈠母种培养基配方
母种培养基常用琼脂做凝固剂，其又名洋菜或冻粉，从
海藻石花菜或其他红藻中提取生产加工而成，为透明、无味、粉条或粉末状。琼脂的关键化学成分是多聚半乳糖的硫酸脂，包含D-葡萄糖醛酸、L-半乳糖、D-半乳糖、3,6-脱水-L-半乳糖和丙酮酸等。干琼脂大多数含水16%，灰分4.4%，氧化钙1.15%，氧化镁0.77%，氮0.4%。琼脂化学结构稳定，不易被菌丝分解借助于，在培养基中仅起凝固剂的作用，其在96℃时融化成液体，冷却到45℃以下即从新凝固。因为用琼脂配制的固体培养基清晰透明，便于观察菌丝的形态，故成为常规斜面域平板培养基不可缺失的材料。其用量因使用季节、目的和琼脂本身质量的不相同而异。大多数在冬天加1.5%—1.8%，夏天为2%;分离菌种时加2.5%，生产时加1.5%—2%。用量过多，培养基较硬，保水性好，不易干燥，但成本高。须指出，即便是最纯品的琼脂，也仍然会含有微量的含氮化合物及残存无机盐，因而在做好营养要求精确的实验中，最好不用琼脂。对生产而言，要求培养基营养丰富，菌丝健旺，因而使用各类加富培养基。常用的母种培养基下面∶
1.马铃薯-葡萄糖-琼脂培养基(PDA)：去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂20克，水一千毫升。这样的培养基养分较少，菌丝不会徒长，常用于菌种分离、提纯及转管保存菌种。
2.去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾2.5克，硫酸镁0.5克，蛋白胨3克，维生素B120毫克，琼脂20克，水一千毫升。
3.去皮马铃薯200克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾2克，硫酸镁0.5克，琼脂20克，柞木屑100克，水一千毫升。
4.高梁粉50克，葡萄糖10克，磷酸二氢钾2克，硫酸镁0.5克，琼脂20克，水一千毫升。
5.平菇200克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾2.5克，硫酸镁0.5克，蛋白胨3克，琼脂20克，水一千毫升。
㈡ 试管斜面的制备
1.配制培养基 选优质马铃薯，去皮(挖去芽眼),切成薄片，称取200克，加水一千毫升放入小铝锅内煮沸20-30分钟，趁热用3层纱布过滤后取滤液,并用热水补冲到一千毫升，倒回小铝锅内。加琼脂继续加热，并用玻璃棒搅拌至琼脂全部溶化后，加葡萄糖，在补水至一千毫升。
2.分装试管 母种培养基大多数用试管为容器，常用的规格为2种∶18mm（毫米）×18mm（毫米）及20mm（毫米）×20mm（毫米），培养基装量为10-15毫升，为试管长度的1/4-1/5，培养基不可沾附试管内壁，如有沾附物必须擦试干净。
3.做棉塞 取适量棉花制作棉塞，棉塞要做的圆滑硬实，棉塞总长3-4厘米。规范的棉塞应是塞头较大，不易变形，入管的部分占塞总长的2/3，露在管外的部分则为1/3(不少于l厘米)。棉塞的大小、松紧要与试管口配套，塞入试管的棉塞要紧贴管壁，不留缝隙。太紧阻碍空气流通，也不一定便操作;过松则达不到滤菌目的，且棉塞易掉入或脱离试管。松紧度以提起棉塞而试管不掉下，拨出棉塞有轻微的声音为适宜。
4.灭菌 将6-8支试管捆成1把，上面用牛皮纸或双层报纸包住，用皮筋或线绳扎紧，以防棉塞受潮。直立放在高压锅内灭菌。加热灭菌时，排尽锅内冷气，当溫度升到121℃(压力1.0千克/平方厘米)时，维持30-40分钟后停止加热，待指针回到零点，先打开锅盖的1/5，借助于余热烘干棉塞，等到无直冲蒸汽时，在打开锅盖，取出试管。
5.摆斜面 趁热将试管一端垫放到木条上，使其成必需角度的斜面，大多数斜面长度达试管全长的1/2为宜。气温低时，覆盖保温，以防冷凝水过多，待完全凝固后，收取备用。
6.灭菌效果检测 随机抽取5支试管，在25℃下做好空白培养3-5天后，检测斜面上有无杂菌，假如发觉有杂菌，就说明灭菌不彻底，要废弃或从新灭菌，无杂菌出来即可供接种用。
㈢ 接种与培养
l.灭菌 接种前先将接种用具、培养基以及菌种等放到接种箱(或接种室)内，然后按每立方米用高锰酸钾5克，40%甲醛溶液10毫升的量做好熏蒸消毒30分钟，如有紫外线灭菌灯，与此同时开启照射30分钟后做好接种。
2.接种 接种时试管口一定不要离开酒精灯火焰旁的无菌区，灼烧一下接种钩并待其冷却，将斜面上的菌苔纵横划切成米粒大的小块，深度以稍带培养基为适，然后在取种块迅速放到待接试管斜面的中心位置，抽出接种钩后，在把试管口烘烧一下，棉塞过火后迅速塞好。如此反复接种，大多数每支母种可转接30-50支试管。
3.培养 将接种后的试管放入25℃的培养箱或培养室做好恒温培养，灰树花需要12-15天的培养，菌丝才能长满试管斜面。在培养流程中要随时检测，挑除有杂菌感染或有不正常现象的试管，以保障母种的质量。
三、原种制作
原种是将母种转接于装有培养料的菌种瓶或袋中做好扩大培养的菌种(二级种)。原种制备程序下面：
㈠配方与拌料
1.阔叶树的木屑78%，麸皮20%，红糖(或白糖)1%，石膏1%。含水量在60%上下，PH值5.5-6.5。
2.棉籽壳90%，麸皮8%，红糖1%，石膏1%。含水量在60%上下，PH值5.5-6.5。
3.棉籽壳42%，木屑40%，麸皮16%，红糖1%，石膏1%。含水量在60%上下，PH值5.5-6.5。
4.麦粒99%，石膏1%。麦粒用1%石灰水浸泡12-24小时(因气温而定)，加热煮沸15分钟，以麦粒不开花为适，然后捞出麦粒稍微晾干，拌入石膏立即装专用菌种瓶或输液瓶，每瓶装湿麦粒300克，瓶肩处装一薄层棉籽壳封口料，以缩短杂菌污染。
在配料流程中，要要注意以下几点:⑴锯木屑要过2-3目筛，除掉木块、木条、木片、霉料团等硬物，遵循生产计划配料，用机器或人工充分拌匀，将红糖溶于水中，随水均匀拌入料内。要做到主、辅料均匀，干湿均匀，酸碱度适宜，无生料团。
⑵搞好环境卫生，拌料的场地最好是水泥地，要提前用水冲刷干净，尽最大限度缩短污染。
⑶灵活熟练掌握含水量，对干料、细料加水宜多壹些;对湿料、粗料加水宜少壹些。在水泥场地拌料加水宜少壹些，以干泥渗水场地拌料，加水宜多壹些，具体加水量以拌好料堆闷半小时后，用手紧握料有水从指缝渗出、但不成滴下落即可。
⑷操作要很快的 在气温高时(28℃上下)，如拌料至灭菌时间太长，则料易变酸。轻的话关系发菌，重则不发菌。因而，要合理安排好生产量，保障在高温期从拌料到灭菌不超过4小时，在低温期从拌料至灭菌一定不要过夜。
㈡ 装瓶与封口
所用菌种瓶要提前刷洗干净，控干后备用。木屑或棉籽壳培养料装瓶，装料至瓶颈可用木棒压实、压平，料面须在瓶肩以下。然后要在料中间扎直径为1.5-2厘米的孔，将瓶口内外壁擦净。
取一块完整、略大于掌心的棉絮卷成棉塞，棉塞要比瓶口略粗，稍用力即可旋入瓶口为宜。塞入瓶口2/3、外露l/3，棉塞头部与瓶颈的底口平，要松紧适度。太紧，关系通气，发菌慢。过松不但棉塞易掉下，且起不到过滤杂菌的目的，导致杂菌感染。塞好棉塞后，盖上牛皮纸或双层报纸，用皮筋扎紧。
㈢ 灭菌
使用高压灭菌或常压灭菌。高压灭菌的压力一般情况下为1.5-2千克/平方厘米，灭菌时间为2-2.5小时。常压灭菌需8-10小时。
㈣ 接种
接种前必须使瓶温降至30℃上下，避免高温接种热死菌种。有冷却室的在冷却室冷却，沒有冷却室的可立刻在接种室冷却。每支母种可转接3-4瓶原种。接种前，开始把接种室(箱)打扫干净，喷2%来苏尔或新洁尔灭净化空气，在把已灭菌的菌种瓶及用具全部搬进去，然后按常规对接种室(箱)做好严格消毒。接种需严格遵循无菌操作做好。
具体操作方法是∶接种者手持母种试管，用酒精棉球将试管擦2次，然后拔开棉塞，试管口对准酒精灯火焰上方，用火焰烧一下管口，把烧过的接种耙迅速插入种管内贴玻壁冷却，将斜面前端1厘米长的菌丝块挖去，还剩的斜面分成3-4段，另一个人在酒精灯火焰上方，在接种者取好菌种块的与此同时拔开原种瓶棉塞，接种者将菌种块取出，很快的接入原种瓶的接种穴内，棉塞过火焰后塞好。如此一支试管可接3-4瓶原种。每接完一支试管，接种耙要从新消毒，避免交叉感染。接完种后，立即将台面收拾干净，将各类残物如试管、洒落的培养基、消毒用过的棉花等均清出室外，照前述方法做好第二轮接种。
㈤ 培养
原种培养须要注意下面事项：
1.提前几天打扫培养室，对水泥墙壁、地面要做好清洗，并严格消毒处理后方可使用。培养室要求维持空气干燥、清洁、避强光，留有能启闭的通风口，空气流通无死角。
2.将接种后的原种瓶搬入培养室，维持溫度在25℃上下，维持空气湿度55-65%。大多数3-5天菌丝即可吃料，7-10天菌丝即可封面。待菌丝封面后，加强通风换气，维持室内空气新鲜，大多数培养25-85天菌丝即可长满瓶。
3.培养期间要随时检测，发觉污染杂菌应立刻采取措施。原种瓶内杂菌滋生地方位置不相同，其污染原因亦不相同:如棉塞受潮，空气湿度过大，瓶口地方位置易滋生红色链孢霉。如瓶内左右均发生绿霉及毛霉等杂菌，则可能是灭菌不彻底。如随机发觉接种块四周发生杂菌，则可能是接种操作不熟练或棉塞过松所致。如紧邻几瓶的种块全部滋生杂菌，可能是母种带杂菌或接种工具灼烧灭菌不严。无论那种状况，一发觉杂菌危害后，必须及早清除，以防蔓延影响到大批菌瓶发生杂菌感染。早期污染的种瓶可从新彻底灭菌，从新接种，不可延误。
除染杂菌外，有时种块不萌发。其原因是:一是接种工具灼烧后未冷却就挖取菌种块，菌丝被烫死或菌丝过火焰时被火焰烧死。二是母种干缩老化，失去萌发力。三是培养溫度不适宜，菌种瓶灭菌后未冷却，菌种受热而死。有时菌种块虽能萌发，但不吃料，其原因关键是：菌种块与培养料结合不紧密;培养料偏干;培养料的酸碱度不适宜;培养料内加入了过量抗杂菌药物如多菌灵等。因而接种时要使菌种块与培养料紧密结合;坚持随拌料随装瓶，立刻灭菌避免培养料变酸;采用木屑时要严防混入松柏木屑;配料时一定不要随意添加或过量添加多菌灵等抑菌药物，以防菌丝生长受到抑制;要维持室内空气湿度55-65%，要远离热源，使种瓶受热均匀。
㈥ 原种规范
优良原种的关键规范是：
1.菌丝洁白无杂菌，棉塞纸盖均无霉点，菌丝满瓶。菌丝长满瓶后，表层分泌茶色液滴，有少数原基形成，可视为正常。
2.瓶塞有食药用菌独特的芳香味，无霉味和酸臭味。
3.从原种瓶中随机挖取一块菌种，成块而有韧性，不松散。将种块接于新的培养基上，在25℃下培养菌种萌发正常。质量差原种的表现症状是菌丝表层出来杂菌斑纹(拮抗线)，菌丝细弱，脱壁萎缩，发黄老化，这样子的原种不可以用于生产。
四、栽培种制做
栽培种培养基的配制、接种及培养方法和原种一般相似，关键不相同点有二:一是原种用试管母种做好接种繁殖，而栽培种是以原种在接种繁殖；二是栽培种所用的容器除了菌种瓶、罐头瓶外，还可用各类规格的聚丙烯塑料袋做培养料容器。
五、菌种的保藏
菌种保藏是食药用菌产业的一项基础工作，是确保野生种质资源基因留存和现有生产用种遗传性能同比稳定的必要手段。菌种保藏的方法多种多样，有的虽然保藏效果好，但投资高或操作繁杂。在生产实践中，更需要设备投入少，能确保菌种不死亡、不污染、最大限度地维持优良种性的简便方法，如斜面低温短期保藏和自然基质较长期保藏相结合的方法。
大多数而言，对母种做好长期保存，对原种做好短期保存。须保障优良菌种的性状和活力不发生变异，不死亡，不被污染，确保其纯度。因而保存方法应具备取材容易，操作方便，菌种不易退化，长期保存不污染杂菌等优点。常用的菌种保存方法下面∶㈠ 斜面低温保藏
该法的优点是保藏方便且所占空间较小。具体做法是:菌丝长满斜面后，放在0-5℃保存。之后每隔必需时间(2-三个月)转管一次。转管保存不可以长期用PDA培养基，不然种性易退化，食药用菌降解木质纤维素的能力减弱。因而隔必需时间（一年上下）须把菌种转接到木屑培养基上复壮，以后挑选健壮无污染的菌丝在转回PDA培养基保存。在长期保存流程中，要防棉塞受潮滋生杂菌。菌种试管口最好用蜡烫封，以防培养基内水分过快蒸发。添加琼脂用量（2.5-3%）可减缓水分蒸发。还是要避免菌种管上的标签掉下而引起种系混杂。
斜面低温保藏方法简便易行，能随时观察保藏菌株的活力和纯度，一旦染杂，肉眼能立刻发觉。用该法须要注意以下几点∶1.贫、富培养基轮用
笔者在多年的菌种保藏实践中发觉，保存菌种的培养基不可以营养太丰富，不然菌丝生长过旺易老化，且造成较多的有损害代谢物而影响到菌种死亡。因而大基本都使用营养不怎么丰富的马铃薯-葡萄糖-琼脂斜面（PDA）。食药用菌在PDA培养基生长虽细弱，但不易老化、生命维持期长；而在加富（如蛋白胨、酵母膏、麸皮浸液等）的PDA培养基上菌丝生长虽旺盛，但易老化、生命维持期短。因而，灰树花斜面菌种轮用贫、富培养基保藏，有利于其优良种性的维持和复壮。
2.频繁跟换培养基
同一菌株若长期使用某一培养基，菌丝的生长速度减慢，会出来菌丝细弱、断节、稀疏的现象，这是由于菌丝一直生长在半合成的同一基质上，与其自然生长环境不相同，某些酶和活性物质长期得不到启用，会钝化或丧失活力。通过跟换培养基，特别是天然营养物质的跟换能改变碳、氮、矿质元素成分，恢复菌丝活力。
3.菌龄和保藏溫度须适合
待保藏菌种的菌丝培养菌龄与保藏期的长短有关。如木耳、姬松茸的菌丝长满斜面后在培养2-3天，让菌丝更浓密、粗壮，有利于菌种对低温的抵御，冰箱溫度设置在4-8℃，可延长菌种的生命活力；而平菇、金针菇等菌种在菌丝刚长满或将长满斜面时即可放入冰箱，这些品种的菌丝本身耐低温，在低温情况下也能缓慢生长，冰箱的保藏溫度最好在0-4℃，可延缓金针菇斜面造成子实体。
4.有孔胶塞封口延长保藏期
棉塞封口培养基易失水干缩；而用无孔胶塞封口引起缺氧，菌丝会因缺氧而死亡或发生生理反应(菌丝或基质造成色素)。如在胶塞上钻孔，孔径1.5mm（毫米），在用棉花封孔口来协调保水与通气的矛盾，菌种贮藏9-12个月后仍能成活80%以上。
㈡ 自然基质保藏
此法是按照食药用菌的特性，借助于自然基质保藏其菌种的方法。木腐菌可以使用以木屑为主料的培养基，草腐菌使用以粪草为主料的培养基。自然基质营养全方位，且大部为缓释养分，不易造成营养过剩或饥饿；其次，培养基理化性状好，可吸收或缓冲菌丝代谢出的有损害物质，水分与通气协调平衡，部分菌丝扎入基质内生长，不裸露于空气中，菌丝呼吸强度低，生命力强。
1.原料与配方
制备木屑培养基时，使用硬木屑最佳，粗、细木屑比例要适度，粗木屑粒径为2mm（毫米）上下，细木屑为大多数圆盘锯屑，粗、细的比例为1：2，添加干木屑重量20%的麸皮和1%的糖，含水率为60%左右。这样子的基质通气性好，营养丰富且供菌丝分解借助于的时间长，长到基质内部的菌丝比包裹在基质外部暴露于空气中的菌丝耐受性强。不相同粒径的基质比例适度，还能协调气与水的矛盾。粗粒过多，“架空菌丝”多，细粒过多，透气性差，菌丝生长慢。应用方法下面：
木屑78%，麸皮20%，石膏1%，蔗糖1%，水65%配料，装入较粗大的试管中，装料量为试管的1/3-1/2，1.5千克/平方厘米灭菌1.5小时。冷却后，接入需保藏的菌种，在28℃下培养，待菌丝长满木屑培养基时，取出换上无菌橡皮塞，在0-5℃冰箱内保藏1-2年转管一次。
2.容器与装量
使用容量250毫升的葡萄玻璃瓶，清洗清洁，装量大多数不超过玻璃瓶容量的3/5，填料不可以过满，瓶壁所残余的颗粒须擦拭干净，不然保藏的菌种易导致污染。
3.灭菌和冷藏
灭菌时若使用棉塞封口，基质表层易失水，接种成活率低，即便菌丝复活，生长也很缓慢，理所当然最好使用聚丙烯膜封口，接种后换用无菌棉塞培养，待菌丝长满后在换成有孔灭菌胶塞冰箱保藏。
用上述方法保藏的菌种经3年贮放后，接出成活率均达90%以上，出菇验证产量及子实体形态特征均无清楚变化。因而，自然基质保藏法具有保存期长，菌种遗传性能同比稳定的特点。
㈢ 石蜡隔氧封藏
将液态石蜡分装入三角瓶内，装量达瓶空间的l/3，塞好棉塞，于121℃灭菌2小时，然后置40℃温箱中，使其水分蒸发，或置于干燥器内数日以除去水分，石蜡呈透明状为宜。在无菌情况下，用无菌吸管装入已长好菌丝的斜面试管，使液面高出斜面顶部1厘米上下。塞上无菌橡皮塞，竖直保存。此法可使菌种存活3年以上，但以1-2年移植一次为好。移植时不必倒出石蜡，用接种钩取一块菌丝即可。因转移时带有石蜡，菌丝生长弱，需要在转管1-2次，方能复壮。
