生物农药还未得到广泛的应用，目前生物农药有三类：生物化学农药、微生物农药、植物源农药。当今化学农药仍是番茄灰霉病防治的主要手段，以多菌灵、甲基硫菌灵、腐霉利、异菌脲、嘧霉胺、啶氧菌酯、己唑醇和乙霉威等杀菌剂为主。这些药如果长期超量使用会导致农产品的残留超标和环境污染，也会使灰霉菌产生抗药性。
用于番茄的生物农药目前有几十种，生物农药毒性较低，对环境安全，不易产生抗药性：
用于防治番茄灰霉病的生物源农药主要有0.5%小檗碱水剂、5%香芹酚水剂、1%苦参碱可溶液剂、1.5%苦参·蛇床素水剂、0.3%丁子香酚可溶液剂、2.1%丁子·香芹酚水剂、3亿CFU/克哈茨木霉菌可湿性粉剂、1000亿个/克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂、2亿个/克木霉菌可湿性粉剂、1亿cfu/克哈茨木霉菌水分散粒剂等品种。
水溶性淡紫拟青霉菌剂生物农药是针对番茄根结线虫病研制的生物防治药剂，新型番茄根结线虫病防治特效药剂淡紫拟青霉菌剂具有繁殖快速、生命力强、安全无毒等特点；淡紫拟青霉菌分泌合成多种有机酸、酶、生理活性物质等
微生物防治，如金种植专用（原液），可以通过叶面喷施或灌根，达到增强番茄植株抗病抵抗力，从而预防番茄青枯病的目的。
编语：生物农药属于一种可再生资源，基本不含有任何人工合成的成分，具有安全、无毒副作用、不污染环境等优点。将来生物农药在农药中所占比重也将越来越大。
